O Poder Judiciário anapolino teve origem na Lei nº 496, sancionada em 29 de julho de 1914. Mas, a instalação efetiva só ocorreu em 16 de abril de 1915. O primeiro juiz da Comarca de Anápolis foi o poeta e jornalista Gastão de Deus Victor Rodrigues.
Atualmente, o Fórum de Anápolis é dirigido pelo magistrado Carlos Limongi Sterse, que substituiu, recentemente, ao juiz Abílio Wolney Aires Neto. Com cerca de 300 serventuários, a Comarca local possui 11 Varas, nas seguintes áreas: Fazenda Pública, Família e Sucessões, Cível e Criminal; Juizado Especial da Infância e da Juventude, além de juizados especiais nas áreas Cível e Criminal.
A Comarca de Anápolis conta com um Ministério Público atuante. Também há, no município, um trabalho corporativo de expressão desenvolvido através da Ordem dos Advogados do Brasil. Recentemente foi instalada uma vara da Justiça Federal e uma representação da Procuradoria da Fazenda Nacional e uma do Ministério Público Federal.
Juízes diretores do Foro de Anápolis nas últimas décadas:
Manoel Luiz Alves – 1964/1967
Joaquim de Araújo Leite – 1972/1973
Clementino de Alencar Lima – 1974/1977
Simão Fernandes da Cunha – 1978/1979
Roldão Oliveira Carvalho – 1979/1983
João Barbosa das Neves – 1983/1985
Air Borges de Almeida – 1985/1987 e 1991/1995
Nivaldo Luciano de Oliveira – 1987
Walter Silva Reis – 1987/1989
Luíza Fortunato Ricardo – 1989/1990
Sandra Regina Teodoro Reis – 1995
Eudélcio Machado Fagundes – 1995/1997
José Ricardo M. Machado – 1997/1998
Johnny Ricardo de Oliveira Freitas – 1998/2001
Algomiro Carvalho Neto – 2001/2003
Zilmene Gomide da Silva – 2003/2005
Abílio Wolney Aires Neto – 2005/2007
Carlos Limongi Sterse – 2007/em exercício
