Em Anápolis, está localizada uma das principais células de preservação da soberania nacional. A Base Aérea começou a ser projetada no final da década de 60. Estudos realizados à época pelo Sistema de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo (Sisdacta), apontaram que o município reunia condições necessárias – principalmente climáticas – para a implantação da unidade da aeronáutica.
A construção do complexo militar começou em nove de fevereiro de 1972. Em março daquele ano, na França, era realizado o primeiro vôo do Mirage com o cocar da Força Aérea Brasileira. No mês de maio, oito pilotos brasileiros foram para Dijon participar dos treinamentos visando adaptação às aeronaves recém adquiridas. Com a vinda da Base Aérea, Anápolis foi elevada à condição de Área de Segurança Nacional. E, de acordo com a legislação da época, não poderia eleger os seus mandatários políticos. Os prefeitos eram indicados. Com a redemocratização do país, os anapolinos reconquistaram o direito de eleger os seus representantes para o Executivo Municipal.
Em 27 de março de 1973, foi realizado em Anápolis o primeiro vôo do supersônico F-103 Mirage. Fato que oficialmente deu início às atividades da 1ª. Ala de Defesa Aérea (1ª. Alada) que mais tarde foi transformado para 1º Grupo de Defesa Aérea (GDA), também denominado Grupo Jaguar, tendo como missão executar operações de defesa aérea, como o propósito de impedir a utilização do espaço aéreo brasileiro para a prática de atos hostis contra seu território ou contrários aos interesses nacionais.
A partir de julho de 2002, a Base Aérea de Anápolis passou também a sediar o 2º e 6º Grupo de Aviação, integrantes do Sistema de Vigilância da Amazônia (Sivam), com as modernas aeronaves R99-A e R99-B, equipadas com radares e equipamentos de sensoreamento remoto. A entrega dos aviões, fabricados pela Embraer, se deu em solenidade com a presença na cidade do então presidente Fernando Henrique Cardoso.
Esse grupamento desenvolve atividades militares estratégicas importantes e de apoio a outros órgãos governamentais que atuam na Amazônia, através da coleta e processamento de dados.
Grupamentos da BAAN
1º Grupo de Defesa Aérea (1º GDA), o Esquadrão Jaguar – aeronaves supersônicas de caça F-103E (Mirage IIIE) e F-103D (Mirage IIID). Em 2006, os Mirage III foram substituídos por Mirage 2000C e Mirage 2000B.
2º Esquadrão do 6º Grupo de Aviação (2º/6º GAv), o Esquadrão Guardião – aeronaves R-99A (Embraer EMB-145 AEW&C) de alerta antecipado e R-99B (Embraer EMB-145 RS/AGS) de sensoriamento remoto. O esquadrão possuía ainda dois C-98 (Cessna 208 Caravan) utilizados como aeronaves administrativas.
